El Pagani Zonda tiene un motor V12 fabricado por Mercedes-Benz y puesto a punto por AMG. El V12 entrega una potencia de 394 CV a 5.200 rpm e impulsa al Zonda de 0 a 100 km/h en 4,8 segundos. El comportamiento dinámico del Pagani Zonda es excelente y las pruebas en pista realizadas por expertos lo destacan frente a otros superdeportivos. La carrocería del Zonda C12 se regula en altura electrónicamente desde el interior.
El equipamiento del Pagani Zonda cuenta con todos los elementos necesarios y estándares de confort propios de un automóvil moderno, más que muchos otros deportivos. Algunos detalles del equipamiento son: cierre centralizado y control de ventanillas eléctrico, espejos accionados eléctricamente, climatizador automático, reproductor de CD y monitor de TV.